Το Κοιμητήριο των Ελληνιστικών και Ρωμαϊκών Χρόνων είναι, επίσης, γνωστό ως Νεκρόπολη Μακρόνησου. Το αρχαίο κοιμητήριο περιλαμβάνει 19 τάφους, ενώ η είσοδός του ήταν αρχικά σφραγισμένη με μια μεγάλη πλάκα ασβεστόλιθου ή με δύο μικρότερες πλάκες από ασβεστίτη.

Εκτός από τους αρχαίους τάφους, οι αρχαιολογικές εκσκαφές έχουν αναδείξει πολλούς ιστορικούς θησαυρούς όπως πήλινες σαρκοφάγους που εκτίθενται στο Δημοτικό Μουσείο Θάλασσα.